Der Satz "ecclesia semper reformanda" (die Kirche ist stets zu erneuern) gilt auch für das benediktinische Mönchtum. Die wohl bedeutendste monastische Erneuerungsbewegung beginnt, als am 21. März 1098, am Fest des hl. Benedikt, eine kleine Schar von Mönchen aus dem Benediktinerkloster Molesme (Burgund) in ein abgeschiedenes, unwirtliches Sumpfgebiet nahe bei Dijon zieht, um dort die Regel des hl. Benedikt wieder in ihrer ganzen Strenge zu leben.

Das neue Kloster trägt den Namen "Cîteaux" (lat. "Cistercium"). Nach diesem Ort werden später alle Mönche des Reformordens Zisterzienser genannt. Sie verstehen ihr Kloster bei aller Strenge und Einfachheit, sowie der Betonung der Handarbeit, als Schule der Liebe.
Den Gründern bleibt jedoch zunächst der Zulauf von jungen Mönchen versagt. Erst nach 14 Jahren, im Jahre 1113, tritt der junge Bernhard von Fontaine (der spätere Abt von Clairvaux) mit über 30 Verwandten und Freunden in Cîteaux ein.
Bernhard ist eine geisterfüllte und mitreißende Persönlichkeit, von deren Ausstrahlung heute noch seine Schriften, Briefe und Predigten zeugen. Schon 1115 wird er Gründerabt von Clairvaux, das eine der vier ersten Tochterklöster (Primarabteien) von Cîteaux ist. Bis zu seinem Tode 1153 gründet er allein von Clairvaux aus 69 Klöster. Damals zählt der Zisterzienserorden 343 Klöster.

Diesem wachsenden Orden gibt Stephen Harding bereits 1118 eine Ordensverfassung durch die "Charta Caritatis". In jenem "Gesetz der Liebe" legt er den Grundstein für die Einheitlichkeit des gesamten Lebens der zisterziensischen Gemeinschaften.
Bernhards Wirkungskreis aber umfasst nicht nur den Orden. Beinahe widerwillig- weil er seine monastische Berufung in Gefahr sieht- erfüllt er sogar die Aufträge des Papstes und hat wirksamen Einfluss auch auf ausserkirchliche Angelegenheiten. So wird er zum einflussreichsten Mann seiner Zeit, die deshalb oft als "Bernhardinisches Zeitalter" bezeichnet wurde.
Das Aufkommen und die zunehmende Attraktivität der Bettelorden, die im 13./14. Jahrhundert ihren Aufschwung hatten, führte zu einer "Entschleunigung" der Ausbreitung weiterer Zisterzienserklöster, die sich durch ihre zentralistische Ausrichtung effizient austauschen konnten.
Mitte des 13. Jahrhunderts gab es 647 Zisterzienserklöster und 1675 gehörten weit über 700 Klöster dem Orden an. Mit der Französischen Revolution kam ein tiefer Einschnitt in die Entwicklung des Ordens. Die Mutterabtei Cîteaux wurde aufgehoben und die Mönche vertrieben. Das Generalkapitel wurde so aufgelöst. Auf die letzte Tagung des Generalkapitels vor der Revolution 1786 folgte die nächste Tagung im Jahre 1869 in Rom. 1892 kam es durch den Zusammenschluss der verschiedenen Reformbewegungen zu einem eigenständigen Orden, dem "Orden der Zisterzienser der strengen Observanz", die gemeinhin als "Trappisten" bekannt sind.
Zurzeit gibt es weltweit ca. 1500 Zisterzienser, Frauen und Männer zusammengezählt. Eine neue Statistk für 2007 wird momentan im Generalat der Zisterzienser in Rom erstellt.
